2029, Japão, num futuro próximo. A ciborgue Motoko Kusanagi projeta uma força-tarefa de prevenção a ameaças. Ela e sua equipe são recrutadas por Daisuke Aramaki para formar a Seção 9, ou Esquadrão Blindado. Uma conspiração internacional aponta para um hacker conhecido como Mestre dos Fantoches. Qual será o destino de Kusanagi? E a cartada final do hacker? Uma nova era da ação cyberpunk começa!
Maaya Sakamoto • Hiroki Yasumoto • Yuichi Nakamura • Kazuhiro Yamaji • Kousuke Goto • Toru Nara • 大井麻利衣 • 金田朋子
Durante uma operação contra uma reunião com um representante estrangeiro, Daisuke Aramaki, da Segurança Pública, encontra uma ciborgue misteriosa. Apresentando-se como Motoko Kusanagi, ela propõe aos Assuntos Internos a criação de uma nova unidade de forças especiais. Aramaki pede a Kusanagi que investigue algo como um primeiro passo.
Após serem recrutados por Aramaki, Kusanagi e a equipe dela passam a atuar como o Esquadrão Blindado. Em certo momento, o cibercérebro da intérprete do Ministro do Exterior é infectado por um vírus. Aramaki desconfia que o Coronel Malles, exilado no país, está tentando interferir em uma reunião secreta. Ele ordena que Kusanagi rastreie a origem da invasão e encontre o hacker responsável.
Após uma perseguição implacável nos Fuchikomas, Kusanagi e Togusa prendem o suspeito. Enquanto isso, Aramaki e Batou vigiam o Coronel Malles, que recebe a visita de alguém que eles suspeitam ser o Mestre dos Fantoches, o hacker responsável por liberar o vírus a mando de Malles.
Uma onda de ataques contra humanos vem sendo cometida por robôs de amostra. A equipe de Kusanagi recolhe robôs da mesma linha e descobre que todos têm uma característica em comum. Batou e Togusa vão até a Hanka Indústria de Precisão, onde os robôs são fabricados, para entender o que está causando os ataques.
Kusanagi e a equipe vão ao Extremo Norte para vigiar Koil Krasnov, um ciborgue de combate. Para descobrir o que Koil quer e expor a corrupção por trás da expansão da fábrica subterrânea da Sagawa Eletrônica, Kusanagi se infiltra nos escritórios da empresa, enquanto Batou e os demais seguem para a fábrica subterrânea.
Após serem atacados de surpresa, Kusanagi e o namorado dela são levados às pressas ao hospital. Eles suspeitam de Toru Soma, um terrorista com quem Kusanagi tem um passado. Kusanagi e Togusa deixam o hospital e, após uma perseguição, acabam entrando em um confronto feroz com um grupo armado em uma fábrica abandonada.
Um robô foge da Megatech Body, e a Seção 9 o coloca sob custódia. Logo depois, descobre que o Mestre dos Fantoches está dentro dele. Ele declara à equipe de Aramaki ser "uma forma de vida que surgiu espontaneamente no mar da informação". Logo após solicitar asilo político, ele é roubado por desconhecidos.
Após um mergulho cerebral no Mestre dos Fantoches, Kusanagi recobra a consciência. Mesmo sabendo a verdade por trás do que aconteceu, ela ainda sente a presença dele de vez em quando. O Esquadrão Blindado invade um barco usado por uma célula terrorista, e Kusanagi acaba matando o líder por engano.
O vídeo do incidente é vazado para a mídia por alguém desconhecido, e Kusanagi é acusada de assassinar o terrorista a sangue-frio. Ao suspeitar que o serviço de inteligência de Ghorantl esteja agindo por trás dos panos, ela investiga por conta própria, mas acaba levada a julgamento.