David Jung, um misterioso ex-agente de inteligência dos EUA que vive escondido na Coreia do Sul, tem a vida virada do avesso quando as consequências de uma decisão impossível do passado voltam para assombrá-lo, e ele se vê caçado por Rebecca, uma jovem assassina mortal, e pela Caddis, a sinistra organização de espionagem para a qual ela trabalha.
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No episódio-piloto de "Agente Butterfly", David Jung, um coreano-americano que forjou a própria morte nove anos atrás, confronta o passado quando a filha Rebecca, agora trabalhando como assassina para a agência de inteligência privada Caddis, é enviada para matá-lo.
David e Rebecca fogem da Caddis após um confronto tenso em uma blitz policial. Mas o reencontro inesperado se complica devido ao ressentimento de Rebecca pelo pai que a abandonou.
Rebecca, David e a família dele fogem para um local seguro na cidade costeira de Busan. As tensões familiares aumentam à medida que Rebecca tem problemas com a nova família do pai. E uma revelação chocante sobre o passado de David e Juno é feita durante um confronto violento em uma marina.
Com Oliver sequestrado, David e Rebecca usam as informações que coletaram dele para elaborar um plano para derrubar Juno. Isso os leva de volta a Seul, onde Gun e a Caddis estão esperando.
Juno interroga Oliver e descobre que ele a traiu enquanto era refém de David. Enquanto isso, David e Rebecca iniciam uma guerra psicológica contra Juno, com o intuito de separá-la de Oliver e derrubar a Caddis de uma vez por todas.
David vai atrás de Rebecca depois que ela é capturada por agentes de Juno e da Caddis, levando a uma perseguição em alta velocidade e uma emboscada brutal em uma fábrica abandonada.